Hijo de Agustín Molina y Francisca González Bruna, Juan Ignacio Molina, cronista jesuita, nació en junio de 1740 en la villa de San Agustín de Talca, tierras de Huaraculén, cerca de Linares.
A la edad de quince años decide ingresar a la orden Jesuita. La Compañía lo traslada al Noviciado San Francisco de Borja en Santiago (hoy la Iglesia de San Vicente en la Alameda, entre las calles Lord Cochrane y Dieciocho). Luego de dos años en los claustros de rigor, a los 17 años viaja a Bucalemu para iniciar estudios de humanidades clásicas.
A los 24 años lo destinan al colegio Jesuita en Talca, iniciándose en el magisterio escolar. Su dedicación docente dura sólo un par de años, porque la Compañía convencida de su talento, lo inicia en los estudios de Teología.
El Abate quedó huérfano de padre a los siete años de edad y desde el lugar de estudios los encuentros con la familia fueron cada vez más distantes. Los brazos de la recién fundada misión jesuítica de la región del Maule fueron los elegidos para entregarle la fortaleza y carga valórica de quienes hollaban la senda trazada por San Ignacio de Loyola, Francisco Javier de Jaso y de Azpilcueta y que persiste hasta el día de hoy.
En 1757, Molina -quien ya se destacaba por sus dotes intelectuales a pesar de sus diecisiete años de edad- fue nombrado catedrático y bibliotecario de la casa grande de la Compañía de Jesús en Santiago. Su educación había sido prolija para la época, ya que dominaba varios idiomas.
En agosto de 1767, cuando aún era un "hermano estudiante" debió partir al exilio, junto a los demás miembros de la orden, expulsados por disposición de Carlos III.